ハード：PS2
値段：6,980円(別)
発売日：2003/12/4
開発：セガ
ジャンル：アクション
裏技：
●コスチュームと使用キャラが追加される
ゲーム中に以下の条件を満たしてゲームをクリアすると、緋花の追加コスチュームと、3人の隠しキャラが選べるようになる。
・緋花コスチューム2…難易度ノーマルをクリア。
・緋花コスチューム3…難易度ハードをクリア。
・翡水…難易度イージーをクリア。
・翡水コスチューム2…難易度ハードをオールSでクリア。または、シークレットコインを88枚すべて集める。
・秀真…前作『Shinobi』のセーブデータがメモリーカードにある状態で、難易度をノーマルをクリア。
・ジョー・ムサシ…難易度ノーマルをオールSでクリア。または、評価画面を88回見る。
●ステージセレクトができる
ゲーム中に出現するシークレットコインを一定数以上取得すると、サバイバルモード、ミッションモード、タイムアタックモードでステージセレクトができるようになる。シークレットコインは全部で88枚あるが、すべて集めるためには難易度EASY、NORMAL、HARDをすべてクリアする必要がある。