●CPU戦で隠れキャラ登場
アーケードモードのCPU戦で、コンティニューや乱入を一度もしないで勝ちつづける。キャラクタごとに次の表の条件を満たす。すると、7番目の対戦相手として隠れキャラが登場する。
●同キャラチーム
バトルモードでプレイし、一度でもクリアする。すると、クリア後からは、キャラ選択画面で同じキャラを選択できる。スペシャルヒーローどうしのタッグは組むことができない。
●更なるオプション項目
タイトル画面を開き、カーソルを「OPTION」に合わせる。セレクト、スタートを同時に押す。すると、ダメージ回復のスピードを調節したり、ハイパーコンボゲージを常にMAXの状態に設定できる「EXオプション」が使えるようになる。
●サポートキャラを出場させる
試合直前の画面表示中に、パンチボタンを3つ押し続ける。すると、メインキャラとサポートキャラを交替できる。サポートキャラを、試合開始からメインキャラとして出場させることができる。
●サポートキャラを奪い取る
対戦相手を倒して勝つ。直後にKOと表示が出たら、すかさずキックボタンを3つ押し続ける。すると、対戦相手のサポートキャラを自分のサポートキャラにすることができる。
●パートナー強奪と先発交代
パートナーヒーローズを選ぶとき、KO表示から勝利画面に移る間にキックボタンを3つ、もしくはパンチボタン3つを同時に押しつづける。すると、キックボタン3つだと相手のパートナーの強奪、パンチボタン3つだと先発交代ができる。
●隠れキャラが登場
以下に示した条件をクリアする。すると、それぞれ対応する隠れキャラが登場する。
・バトルモードクリア後、ウルヴァリンの下に出現…オンスロート。
・ハルクでバトルモードクリア後、リュウの上に出現…MSH性能ハルク。
・モリガンでバトルモードクリア後、ウォーマシンの下に出現…リリス風モリガン。
・ウォーマシンでバトルモードクリア後、ザンギエフの上に出現…ハイパーアーマーウォーマシン。
・ベノムでバトルモードクリア後、春麗の上に出現…ハイスピードベノム。
・春麗でバトルモードクリア後、ガンビットの下に出現…シャドウレディ。
・ロックマンでバトルモードクリア後、ロックマンの右に出現…ロールちゃん。
・ロックマンでバトルモードクリア後、セレクトを押しながらロックマンを決定…マグネティックロックマン。
・セレクトを押しながらリュウを決定…ケンモードリュウ。
・スタートを押しながらリュウを決定…豪鬼モードリュウ。
・セレクトを押しながらザンギエフを決定…メカザンギエフ。
・バトルモードをノーコンティニューでクリア後、スペシャルヒーローズ選択パネルの下に出現…シャドウ及びセンチネル。