ハード：GC
値段：6,980円（別）
発売日：2004/3/11
開発：コナミ
ジャンル：アドベンチャー
裏技：
●マリオとヨッシーの人形の秘密
オタコンの研究室にある、マリオとヨッシーの人形を銃で撃つと、隠し効果が現れる。
・マリオを撃つ…おなじみの効果音とともに1UPの文字が表示され、スネークのライフが少し回復する。
・ヨッシーを撃つ…ヨッシーの鳴き声が聞ける。
●サイコ・マンティスがゲームについて語る
『スーパーマリオサンシャイン』、『ゼルダの伝説 風のタクト』、『大乱闘スマッシュブラザーズDX』、『エターナルダークネス 招かれた13人』のいずれかのセーブデータが入ったメモリーカードを使ってゲームをプレイする。サイコ・マンティスとの戦闘の前に、スネークの心を読むシーンまでゲームを進めると、サイコ・マンティスがセーブデータのあるゲームについて語りだす。
●サイコ・マンティスの視点で画面を見る
メリルがサイコ・マンティスに操られた後の戦闘シーンになったら、視点を主観モードに切り替えてしばらく待つ。すると、サイコ・マンティスの視点で画面を見られる。これを利用して、サイコ・マンティスの位置を探ることもできる。
●ジョニーが悲鳴をあげる
オセロットに拷問を受けてから医療室を脱出する時に、見張りのゲノム兵ジョニーを気絶させないでおく。しばらくしてジョニーがトイレに駆け込んだら、トイレのドアをノックする。すると驚いたジョニーが情けない悲鳴をあげる。
●メリルが下着姿でストレッチ
DARPA局長の軟禁部屋へ行く際にダクトを通り、ストレッチしているメリルの姿を見ておく。一度ダクトから出て、同じダクトを通って戻ると、メリルが下着姿でストレッチしているところを見られる。
●メリルが下着姿でイベントをこなす
核保存棟の地下1階で敵に変装したメリルが女子トイレに入ったら、3秒以内に同じ女子トイレに入る。すると、メリルが下着姿でイベントをこなす姿が見られる。
●メリルにお尻を叩かれる
地下通路の地雷原を通るときに、わざとクレイモアにひっかかる。すると、メリルにお尻を叩かれる。
●メリルに殴られてダメージ
メリルと行動している時に、銃やパンチなどでメリルを攻撃すると、メリルに殴られてダメージを受ける。なお、メリルのライフをゼロにしてしまうと、ゲームオーバーになってしまうので注意。
●メイ・リンにアカンベーされる
無線で何度もメイ・リンを呼び出して「セーブしない」を選び続け、不機嫌になってもさらに繰り返す。すると、メイ・リンにアカンベーをされてしまう。
●大佐やナオミたちに通信で怒られる
スナイパー・ウルフに狙撃された後で、倒れているメリルを攻撃すると、大佐やナオミたちに通信で怒られてしまう。なお「メリルに殴られてダメージ」の技と同様に、メリルのライフがゼロになるとゲームオーバーになってしまうので注意。