ハード：GC
値段：7,140円（込）
発売日：2004/9/30
開発：トミー
ジャンル：アクション
裏技：
●前作データでレアゾイドを入手
前作『ゾイドバーサスⅡ』のデータが入っているメモリーカードでゲームを始めると、ショップに隠しゾイド「ザバットAI」が追加される。
●「フューザーズ」のキャラが登場
ミッションモードをクリアすると、テレビアニメ「フューザーズ」のキャラ6人（RD、スイート、マスクマン、シグマ、エミー、マット）とオリジナルキャラ4人（アロー、アルマ、スクード、ミーナ）が追加される。
●「フューザーズ」の新キャラ＆ゾイドが登場
「『フューザーズ』のキャラが登場」の技で出現した「フューザーズ」キャラを使い、ゾイドバトルモードをクリアすると、新たに「フューザーズ」のキャラ11人（ブレード、バートン、ガミー、チャオ、ラスターニ、マロイ、ラトル、ボーン、サマンサ、キッド、リュック）とゾイド16体（ブレードライガーBI、アロザウラーBPS、ブラキオレックス、ブラキオトータス、ゴジュラスギガBPS、シンカーBPS、バスターフューラー、ライガーゼロフェニックスRD、ケーニッヒウルフMKⅡ、キラースパイナー、セイバータイガーホロテック、ディアブロタイガーα、ディアブロタイガーβ、サイクロプス壱式、サイクロプス弐式、グリフォン）が追加される。
●ミッションモードクリアでゾイド追加
特定のランク以上でミッションモードをクリアすると、クリア時のランクに応じてゾイドが追加される。クリアランクと追加されるゾイドは以下の通り。なおサラマンダーボンヴァーンとデススティンガーZSはバーサスモードでのみ使用可能だ。
・クリアのみ…ゴジュラスギガ、レイズタイガー、ロードゲイル、デカルトドラゴン。
・ランクC以上でクリア…ファイアーフォックス、シャドーアームリザード。
・ランクB以上…セイントゲイル、サラマンダーボンヴァーン。
・ランクA以上…レイズタイガーAS、デススティンガーZS。
●ボイステストでキャラ＆ゾイド追加①
タイトルメニューの「CONFIG」から「VOICE」を選び、「VOICE TEST」で、92、68、40、13、90の順に再生すると、ゾイドバトルモードにジーン、ロジャー、マービスの3人が追加され、SHOPにコマンドストライカー、エナジーライガーPSの2体が追加される。
●ボイステストでキャラ＆ゾイド追加②
タイトルメニューの「CONFIG」から「VOICE」を選び、「VOICE TEST」で、04、66、10、02、21の順に再生すると、ゾイドバトルモードにファン、ツルギ、バラフの3人が追加され、SHOPにライガーゼロファルコンRD、凱龍輝スピード、凱龍輝デストロイ、グラビティーウルフ、グラビティーザウラー、グラビティーサイクスの6体が追加される。
●ボイステストでキャラ＆ゾイド追加③
タイトルメニューの「CONFIG」から「VOICE」を選び、「VOICE TEST」で、49、23、60、80、14の順に再生すると、ゾイドバトルモードにアルファが追加され、SHOPにエナジーレイライガーが追加、ゾイドバトルモードの使用機体にセイスモサウルスRSS、アルティメットセイスモ、ベルセルクセイスモが追加される。