ハード：GBA
値段：5,040円（込）
発売日：2004/4/23
開発：カプコン
ジャンル：アクション
裏技：
●『エグゼ4』との通信で敵が変化
通信ケーブルで『ロックマン エグゼ4』と『ゼロ3』をつなぎ、シエルの部屋のコンピュータで「通信」を選び、『エグゼ4』とリンクさせる。チップトレードで、Zセイバーを『エグゼ4』側に送信すると、サイバー空間に登場する敵が変化する。
●ハードモードが遊べる
一度ゲームをクリアした後、タイトル画面でLを押したままスタートを押してゲームを始めると、ハードモードが遊べる。このモードではサイバーエルフ、EXスキル、Zセイバー連続斬りが全て使えない状態で闘うことになる。
●アルティメットモードで遊べる
シークレットディスクをコンプリートした状態でゲームをクリアする。タイトル画面でRを押しながらスタートを押してゲームを始めると、アルティメットモードが遊べる。このモードではシークレットディスクが全てそろっており、ほぼ全てのサイバーエルフとフュージョンした状態でゲームをスタートできる。また、以下のチャージ攻撃がコマンド入力でも出せるようになる。コマンドは全て自分が右向きの場合のもの。
・バスターショット…下、右＋B（1段階目）。下、右、下、右＋B（2段階目）。
・Zセイバー…右、下＋B。
・リコイルロッド…下、右＋B（前方）。右、上＋B（上方向）。右、下＋B（下方向）。
・シールドブーメラン…下、右＋B（通常）。右、下＋B（サーキュラーシールド）。