ハード：GBA
値段：4,800円（込）
発売日：2004/5/27
開発：任天堂
ジャンル：アクション
裏技：
●NES版『メトロイド』を遊べる
一度ゲームをクリアすると、オプションに「オリジナルメトロイド」の項目が追加される。これを選ぶと、NES版の『メトロイド』で遊ぶことができる。
●ハードモードが出現
クリアデータを使って「はじめから」を選んでゲームを始めると、ゲームレベル選択画面に、ハードモード追加される。
●『フュージョン』のエンディングポスターを見る
『メトロイドフュージョン』と『ゼロミッション』を通信ケーブルでつなぐと、『フュージョン』のエンディングポスターが見られる。